Całe przedsięwzięcie zapoczątkowała Rada Ministrów, która podjęła uchwałę w sprawie zasad finansowania regionalnych kolejowych przewozów pasażerskich, otwierając drogę do ich usamorządowienia. Na mocy tego porozumienia rząd zobowiązał się do zagwarantowania środków finansowych w latach 2009-2020 z następujących źródeł:

• z Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko na lata 2007- 2013, w kwocie 175 mln euro, poprzez umieszczenie na liście indykatywnej projektów spółki PKP PR na zakup i modernizację kolejowych pojazdów szynowych przeznaczonych do przewozów pasażerskich, wykonywanych na podstawie umów o świadczenie usług publicznych na obszarze co najmniej dwóch województw z udziałem własnym PKP PR na poziomie 50%;
• z Funduszu Kolejowego w wyniku zmiany ustawy o Funduszu Kolejowym w kwocie 800 mln zł, w latach 2009-2015;
• z rezerwy celowej z budżetu państwa w kwocie 700 mln zł w latach 2010-2015;
• z budżetu państwa i programów unijnych na sfinansowanie w latach 2016-2020 programu inwestycyjnego w zakresie modernizacji i zakupu taboru kolejowego - do 3 851 mln zł, przy czym ustalenie proporcji źródeł finansowania nastąpi po uchwaleniu budżetu UE na lata 2014-2020;
• ze zwiększenia dochodów samorządów województw z tytułu podwyższenia udziału w podatku dochodowym od osób prawnych (CIT) o 0,75 punktu procentowego, tj. z 14 do 14,75% od roku 2010 w odniesieniu do obecnego systemu naliczania podatku.

Środki finansowe przeznaczone będą na pokrycie straty bilansowej oraz wkład własny PKP PR do projektów inwestycyjnych realizowanych ze środków POIiŚ.

Podstawą do ustalenia wzajemnych zobowiązań finansowych pomiędzy podmiotami zaangażowanymi w usamorządowienie był m.in. biznesplan przedstawiony przez władze PKP PR. Jednak już pod koniec stycznia 2009 r. pojawiły się informacje, że nie oddaje on faktycznego stanu przewoźnika, a samorządowcy czują się oszukani.

Kolejną płaszczyzną konfliktu pomiędzy przewoźnikami wkrótce potem okazało się uruchamianie przez PKP PR połączeń interREGIO - pociągów międzywojewódzkich tańszych, a niejednokrotnie nawet szybszych od tych PKP IC. W mediach zaroiło się od komentarzy przepowiadających "wojnę na torach" lub obwieszczających początek długo wyczekiwanej konkurencji kolejowej, na której pasażerowie mogą tylko zyskać. - Konkurencja odbywa się na poziomie przetargu na obsługę danego połączenia, a nie jest wojenką podjazdową, która w dłuższej perspektywie na pewno zaszkodzi kolei. Ludzie wybiorą samochody czy autobusy - mówił Paweł Ney, rzecznik PKP Intercity.