Regionalne programy operacyjne utworzone zostały przez poszczególne urzędy marszałkowskie, w związku z tym preferują wspieranie inwestycji na terenie swojego województwa.

W ogólnych warunkach zawarty jest często zapis, że projekt musi być realizowany na terenie danego województwa. Sprawa jest oczywista i klarowna w sytuacji, gdy firma prowadzi działalność w jednym miejscu i zakupione maszyny będą tam zainstalowane.

Gdy firma posiada oddziały lub ze specyfikacji inwestycji nie wynika jednoznacznie lokalizacja, sprawa komplikuje się i w rezultacie może prowadzić do odmowy przyznania dofinansowania.

Oddziały w kilku województwach

Wiele firm, aby ułatwić sobie kontakt z klientem, tworzy oddziały zlokalizowane na terenie całego kraju. Jest to częsta strategia zdobywania rynku. Okazuje się, że taki system rozwoju bywa problematyczny przy ubieganiu się o dotację. Szczególnie jest to widoczne, gdy oddziały są w znacznym stopniu autonomiczne, np. stacje kontroli pojazdów czy montownie. W takim układzie firma nie może złożyć jednego wniosku o dotację w miejscu zgodnie z siedzibą, lecz musi składać tyle wniosków, w ilu województwach posiada oddziały mające zostać wsparte dotacją.

Gdyby była to kwestia tylko powielania dokumentacji czy drobnej przebudowy, to sprawa byłaby tylko uciążliwa, ale wykonalna.

W praktyce jednak programy są tak bardzo zróżnicowane między sobą, że jest to prawie niewykonalne. Typy projektów często się powielają, ale kryteria wyborów są zbyt zróżnicowane.

Ten sam projekt uzyska dotację w jednym województwie, a może nie mieć szans w sąsiednim. Jak w takim układzie realizować inwestycję w całej firmie? Dzielenie konkretnej inwestycji na poszczególne oddziały rodzi jeszcze inną trudność - w wykazaniu "znaczącego wpływu inwestycji na rozwój firmy". W dokumentacji podaje się dane finansowe dla całej firmy i to, co ma znaczenie dla oddziału, niekoniecznie ma znaczenie dla całej firmy.

Z punktu widzenia firmy wielooddziałowej lepiej jest realizować inwestycję o wartości powyżej 8 mln zł, gdyż wtedy ma do dyspozycji programy ogólnokrajowe. Jest to alternatywa, ale tylko dla inwestycji z dużym potencjałem innowacyjnym. W przeciwnym wypadku - alternatywy brak.