Niedostatki infrastruktury są znane: zbyt mała pojemność magazynowa baz paliw, zbyt mała liczba zbiorników w bazach na różne paliwa i biopaliwa, system rurociągów produktowych służący tylko do transportu paliw z Płocka, zbyt niska przepustowość terminali na wschodniej granicy, ograniczone moce przeładunkowe i wysyłkowe terminali morskich, ograniczenia wynikające ze stanu infrastruktury kolejowej, brak rurociągowych połączeń transgranicznych. Największe firmy infrastrukturalne są spółkami Skarbu Państwa, co skutkuje brakiem decyzyjności inwestycyjnej. Jednocześnie brakuje zachęt dla inwestycji zagranicznych w infrastrukturę paliwową.

Obowiązek realizacji Narodowego Celu Wskaźnikowego (zagwarantowanie minimalnego poziomu biokomponentów w paliwach) oraz utrzymywania 76-dniowych zapasów paliw jest nałożony na tych samych przedsiębiorców: producentów, nabywców wewnątrzwspólnotowych i importerów, czyli dostawców paliw do operatorów stacji paliw. Z jednej strony ograniczenia infrastrukturalne stwarzają zagrożenia dla realizacji nałożonych obowiązków, a w konsekwencji do nałożenia niewspółmiernie wysokich kar finansowych. Z drugiej strony ograniczenia te skutkują wyższymi kosztami operacji logistycznych, przekładającymi się na wyższe ceny paliw dla operatorów detalicznych lub zyski niższe od oczekiwanych. Efektem takiego stanu rzeczy jest ograniczenie dostaw paliw na krajowy rynek przez nabywców wewnątrzwspólnotowych i importerów, a w konsekwencji ograniczenie jego konkurencyjności.