Dla każdego inwestora kluczowym aspektem jest, aby dany system płatności pozwalał oszacować przyszłe przepływy pieniężne z założonym odpowiednim poziomem ryzyka, w celu wyznaczenia opłacalności inwestycji. Ryzyko związane z wielkością tych płatności ma też niebagatelne znaczenie dla uzyskania zabezpieczenia na udzielane kredyty (w systemach wsparcia opartych na taryfach gwarantowanych ryzyko to wydaje się być mniejsze).

Sprzedawanie energii i certyfikatów na rynkach spot ze zmieniającymi się cenami powoduje wzrost wielkości tego ryzyka i tym samym wzrost kosztów wytwarzania energii, ponieważ inwestorzy zmuszeni są zwiększyć marżę ryzyka celem zabezpieczenia inwestycji.

Jeżeli rynek zielonych certyfikatów działałby skutecznie, cena świadectwa odbijałaby różnicę między ceną zbytu elektryczności a kosztami generacji odnawialnej energii, przynajmniej w teorii. Wartość certyfikatu w ten sposób reprezentuje dodatkowy koszt wyprodukowania odnawialnej energii w porównaniu z konwencjonalnymi źródłami. Jednak ciężko przypuszczać, że wartość tej ceny byłaby równa środowiskowym korzyściom z odnawialnego źródła energii.

Kolejnym ważnym aspektem do rozważenia w przypadku stosowania tego systemu jest to, czy wszystkie technologie odnawialnych źródeł energii powinny zostać włączone do jednego systemu, czy też powinno się zastosować certyfikaty dla każdego rodzaju źródła.

System certyfikatów wspólny dla wszystkich źródeł zapewnia największy rozwój najtańszej technologii, natomiast zastosowanie kilku świadectw doprowadzi rynek do niebezpiecznie niskiej płynnością, szczególnie w początkowej fazie. Jednym z rozwiązań jest zastosowanie systemu mnożników, który polega na tym, że ilość certyfikatów jest zależna nie tylko od wielkości wytworzonej energii, ale także od wielkości mnożnika, np. zastosowanie mnożnika 2 oznaczałoby, że dane źródło otrzymuje dwa razy więcej certyfikatów za tą samą wytworzoną ilość energii. Jednak nie można w łatwy sposób oszacować kosztów produkcji dla różnych technologii, a więc określenie proporcjonalnej relacji między kosztami poszczególnych źródeł jest stosunkowo trudne. Na dodatek niewłaściwe oszacowanie mnożników powodowałoby, że nie inwestowano by w najbardziej kosztowo-efektywne źródła, a tylko w te, dla których rentowność w danym momencie jest najwyższa (ze względu na stosowany mnożnik).