W drugim dniu wizyty w Polsce Kroes, wraz z ministrem Skarbu Państwa Aleksandrem Gradem odwiedziła gdyńską stocznię. W spotkaniu z komisarz uczestniczyły byłe i obecne Władzie stoczni oraz OPZZ.

6 listopada 2008 r. Komisja Europejska wydała decyzję w sprawie stoczni w Gdyni i Szczecinie, uznając udzieloną im przez polski rząd pomoc publiczną za nielegalną. Zgodnie z planem uzgodnionym z Komisją, podzielony na części majątek stoczni Gdynia i Szczecin został sprzedany w przetargach.

Komisarz powiedziała w piątek, że decyzja o likwidacji stoczni gdyńskiej i sprzedaży jej majątku przyniesie w przyszłości pozytywne skutki, bo stocznia ma inwestora i będzie budowała statki.

Po wizycie w stoczni gdyńskiej Kroes wraz z ministrem Gradem udała się do Gdańska, gdzie spotka się z władzami gdańskiej stoczni oraz tamtejszymi związkowcami. Grad, pytany przez dziennikarzy, czy komisarz ogłosi w Gdańsku pozytywną decyzję dla tej stoczni odpowiedział, że "trzeba by o to zapytać samą Neelie Kroes". "Ale widzą państwo, że się uśmiecham" - dodał.