Żadne ze zbadanych przez NIK ministerstw nie uczestniczyło w programie PFRON "Niepełnosprawni w służbie publicznej". Niskie zatrudnienie niepełnosprawnych i związane z tym niewypełnienie ustawowego wskaźnika zatrudnienia wiąże się z koniecznością odprowadzania znacznych wpłat na PFRON. Można je obniżyć nie tylko zatrudniając niepełnosprawnych, ale także poprzez dokonywanie zakupów u pracodawców, którzy osiągają wysoki wskaźnik zatrudnienia tych osób.

Kontrolowane przez NIK urzędy w ograniczonym stopniu korzystały z tej możliwości. Ponadto w ponad 45 proc. skontrolowanych instytucji NIK stwierdziła przypadki dostarczenia pracodawcy przez osoby niepełnosprawne orzeczeń o niepełnosprawności po upływie wielu miesięcy a nawet lat od jego otrzymania. W ten sposób rzeczywisty stan zatrudnienia niepełnosprawnych mógł być wyższy od deklarowanego w PFRON i wpłynąć na zmniejszenie wpłacanych przez urząd kwot. W ocenie NIK, jedną z przyczyn nieokazywania orzeczeń mogła być obawa, że posiadanie statusu osoby niepełnosprawnej może zaszkodzić w dalszym rozwoju kariery zawodowej.

Izba stwierdziła, że w wielu budynkach istnieją wciąż bariery architektoniczne utrudniające niepełnosprawnym swobodne poruszanie się. Choć w okresie objętym kontrolą wykonano szereg prac modernizacyjnych w kontrolowanych urzędach, to jednak nie doprowadziły one do likwidacji wszystkich barier. Spośród 118 skontrolowanych siedzib urzędów tylko 9 było całkowicie dostosowanych do potrzeb niepełnosprawnych.

Według NIK kierownictwo zbadanych urzędów przestrzega praw niepełnosprawnych pracowników. Generalnie respektowano ich uprawnienia w odniesieniu do wymiaru czasu pracy. Niepełnosprawni pracownicy nie wykorzystywali natomiast w pełni uprawnień do dodatkowej przerwy, zwolnienia z pracy w celu wykonania badań specjalistycznych, zabiegów leczniczych czy uczestnictwa w turnusie rehabilitacyjnym.