Logistyka sektora naftowego ma zapewniać bezpieczeństwo zaopatrzenia w ropę i paliwa, a zarazem realizować zasadę TPA - dostępu stron trzecich do infrastruktury przesyłowej i magazynowej. Nafta Polska przekonuje, że państwo powinno w związku z tym kontrolować rurociągi do transportu ropy, Naftoport i podstawowe terminale przeładunkowe, w tym bazy na wschodniej granicy. Część baz Orlenu i terminale spółki Naftobazy, a także rurociągi produktowe PERN „Przyjaźń” mogą wejść w skład podmiotu o roboczej nazwie Zintegrowany Operator Logistyczny. Prywatyzacja aktywów ZOL nie jest wykluczona.
Wobec prywatyzacji PKN Orlen i Grupy Lotos, Skarb Państwa chce dzisiaj odzyskać pakiet kontrolny w Naftoporcie. Nafta Polska negocjuje odkupienie udziałów, należących do PKN Orlen (około 49 proc.). Nafta Polska uzależnia od przejęcia udziałów Naftoportu od Orlenu lub Grupy Lotos zgodę na sprzedaż udziałów obu spółek (Skarb Państwa i Nafta Polska mają w sumie 27 proc. akcji Orlenu). Wzmocnienie (de facto odzyskanie) kontroli państwa nad Naftoportem poprzez PERN, które zapisano już w strategii dla sektora z 2002 roku, może jednak natrafić na przeszkodę w postaci koniecznej zgody innych udziałowców na sprzedaż akcji spółki oraz należące do nich prawo pierwokupu.