Urodzony 26 czerwca 1972 r. w Białobrzegach. Policjant w stopniu młodszego inspektora. W latach 2009-2015 szef Centralnego Biura Antykorupcyjnego (CBA).
Absolwent studiów na Wydziale Prawa Uniwersytetu w Białymstoku. W październiku 2009 r., po zdymisjonowaniu szefa Centralnego Biura Antykorupcyjnego Mariusza Kamińskiego, najpierw pełnił obowiązki szefa CBA, a 30 grudnia 2009 r. premier Donald Tusk powołał go na to stanowisko. Ponownie powołany na to stanowisko 31 grudnia 2013 r.
24 listopada 2015 r. Paweł Wojtunik złożył rezygnację z funkcji szefa CBA.