Rynek biogazowni w Polsce boryka się z wieloma problemami. Do najważniejszych z nich z pewnością zaliczyć można brak polskich technologii umożliwiających produkcję oraz tłoczenie biometanu do sieci gazowej, a także wydzielanie się uciążliwych odorów podczas pracy instalacji, które powodują protesty okolicznych mieszkańców. Narodowe Centrum Badań i Rozwoju, projektując przedsięwzięcie „Innowacyjna Biogazownia”, które finansowane jest z Funduszy Europejskich, postawiło sobie za cel zrewolucjonizowanie krajowego sektora biogazu. Produkcja biometanu oraz wyeliminowanie odorów będą najwyżej ocenianymi wymaganiami, które spełnić powinny podmioty biorące udział w innowacyjnym przedsięwzięciu.
W Polsce, pomimo bardzo dużego potencjału surowcowego, do tej pory wybudowano niewiele ponad 300 biogazowni, w tym 116 rolniczych. Do tego żadna z nich nie wytwarza biometanu, który mógłby zostać wtłoczony do sieci gazowej. Problemy spotykające wielu krajowych inwestorów oraz właścicieli instalacji biogazowych zaczynają się jeszcze na długo przed ich budową. Przeszkodę stanowią m.in. protesty społeczne, wywoływane najczęściej obawą przed emisjami uciążliwych zapachów wśród lokalnych społeczności.